Am 27. September 1898 erwirbt Pastor Martin von Gerlach zusammen mit einigen Diakonen das ehemalige Fabrikgelände im Neißetal bei Rothenburg. Hier beginnt am 2. Januar 1899 die neu gegründete Brüderschaft "Zoar" ihre Arbeit. Die ersten pflegebedürftigen Heimbewohner werden aufgenommen. In den folgenden Jahren weitet die Brüderschaft ihre Arbeit aus, kauft Land hinzu und baut weitere Häuser. Ab 1919 gelingt es Gerlachs Nachfolger Pfarrer Zitzmann, Zoar in ein blühendes Unternehmen zu verwandeln: Er lässt Dankesquittungen und Notgeldscheine drucken, wirbt mit Filmvorträgen in den umliegenden Gemeinden, sorgt für eine gewinnbringende Landwirtschaft und richtet mit den Diakonen eigene Werkstätten ein.

Die Zeit des Nationalsozialismus bringt auch für Zoar viele bittere Jahre. Im Mai 1941 wird die Änderung des jüdischen Namens der Einrichtung Zoar gefordert und es erfolgt die Umbenennung in Martinshof. Kurz darauf müssen Mitarbeiter und Heimbewohner den Martinshof verlassen. Über 100 Bewohner fallen dem Euthanasieprogramm der Nationalsozialisten zum Opfer. In den Jahren 1941/42 wird der Martinshof Ghetto für 700 jüdische Menschen, die später in den Konzentrationslagern Auschwitz und Theresienstadt umgebracht wurden. Am Ende des Zweiten Weltkrieges sind die Gebäude des  Martinshofes fast vollständig zerstört.

Schon 1945 wird mit dem Wiederaufbau begonnen. 1950 leben im Martinshof bereits wieder über 200 pflegebedürftige Menschen. Bis 1989 steht die inhaltlichen Verbesserung der Arbeit mit behinderten Menschen im Vordergrund. Es wird zunehmend Wert auf eine heilpädagogische Ausrichtung der Arbeit gelegt. Außerdem widmet sich der Martinshof verstärkt der Betreuung alter Menschen. Als immer schwieriger gestaltet sich die Wohnsituation, da die Mittel für die Sanierung der Gebäude fehlen.

Nach der Wende werden die Wohn- und Arbeitsverhältnisse schrittweise verbessert. Die Entwicklung zu mehr Selbstverantwortung und Selbstbestimmung der alten und geistig behinderten Menschen wird gefördert. 1996 gründet die "Brüder- und Schwesternschaft Martinshof e.V." das Martinshof Rothenburg Diakoniewerk als kirchliche Stiftung bürgerlichen Rechts. 2004 ist die Sanierung des letzten alten Gebäudes abgeschlossen. Mittlerweile finden sich die verschiedenen Einrichtungen und Aktivitäten des Martinshof Rothenburg Diakoniewerkes an verschiedenen Standorten im ostsächsischen Raum bis hin nach Dresden.